Akibat konflik tersebut, Prabowo sempat dimutasi ke posisi yang kurang strategis, menunjukkan betapa kuatnya pengaruh intelijen dalam menentukan karier militer.
Baca Juga: TNI Tahan 4 Anggota Tersangka Penyiraman Air Keras Aktivis KontraS
Peran BAIS dalam Kasus Timor Timur
Intelijen militer juga memainkan peran besar dalam integrasi dan pengelolaan Timor Timur. Salah satunya penunjukan Mario Viegas Carrascalao sebagai gubernur oleh Moerdani pada 1982.
Keputusan ini menunjukkan bagaimana intelijen tidak hanya bekerja di bidang keamanan, tapi juga ikut menentukan arah politik daerah.
Selama masa itu, BAIS menjadi pusat laporan dan koordinasi berbagai kebijakan strategis. Bahkan, hubungan antara pejabat daerah dan intelijen berlangsung sangat intens.
Namun, ketika Timor Timur akhirnya merdeka melalui referendum 1999, peran intelijen militer kembali menjadi sorotan, terutama terkait kekerasan yang terjadi pascareferendum.
Baca Juga: Viral Pria Joget Cuan MBG Rp6 Juta per Hari, Fakta Lengkap dari Kronologi hingga Klarifikasi
Reformasi 1998: Titik Balik Besar
Runtuhnya rezim Soeharto pada 1998 menjadi momen penting dalam sejarah intelijen militer Indonesia. Reformasi menuntut perubahan besar, termasuk membatasi peran militer dalam politik.
Di bawah kepemimpinan Wiranto, ABRI direformasi menjadi TNI dan konsep Dwifungsi dihapuskan. Ini berdampak langsung pada BAIS.
Sejak saat itu, BAIS tidak lagi bebas masuk ke ranah sipil. Fokusnya dipersempit pada pertahanan negara dan analisis ancaman keamanan.
Struktur organisasi juga diperbaiki, termasuk penegasan bahwa atase pertahanan di luar negeri berada langsung di bawah komando Panglima TNI.
Baca Juga: Belajar Daring April 2026 Dibatalkan, Ini Alasannya
Tantangan Baru di Era Modern