Awalnya masjid itu memiliki tiga pintu dan menghadap Masjid Al-Aqsa, kiblat pertama sebelum diubah menghadap Kabah di Mekkah.
Di bagian belakang masjid ada tempat yang teduh untuk menampung orang miskin dan orang asing, namanya "Al-Saffa".
Ketika para sahabat meminta Rasulullah saw untuk memperkuat atap dengan lumpur, namunBeliau menolak. Lantai masjid tidak ditutupi dengan apa pun hingga tiga tahun kemudian.
Luas awal masjid adalah 1.050 meter persegi sebelum diperluas menjadi 1.452 meter persegi atas perintah Beliau ketika baru kembali dari Khaybar, tujuh tahun sesudah Hijrah.
Lokasi rumah Nabi Muhammad awalnya berada di samping masjid dan di sanalah Rasulullah saw wafat dan dimakamkan.
Ketika Nabi Muhammad wafat para sahabat berunding di mana Beliau akan dimakamkan. Abu Bakar memberi tahu, Rasulullah saw pernah bersabda bahwa para nabi dimakamkan di tempat di mana Allah mencabut nyawa mereka.
Maka, Rasulullah dimakamkan di tempat meninggalnya, yakni di tempat yang dahulunya adalah kamar Aisyah, istri Nabi.
Saat Abu Bakar sakit, ia meminta izin kepada Aisyah agar saat meninggal nanti bisa dimakamkan di dekat makam Rasulullah, dan Aisyah mengijinkan.
Umar bin Khattab, khalifah kedua juga mengajukan permintaan yang sama dan Aisyah pun kembali mengijinkan.
Akhirnya dua sahabat terdekat Nabi itu dimakamkan tempat yang sama, Abu Bakar Al-Shiddiq dan Umar bin Khattab.
Karena perluasan-perluasan Masjid Nabawi, ketiga makam itu kini berada di dalam masjid, yakni di sudut tenggara (kiri depan) masjid.
Sedangkan Aisyah dan kebanyakan shahabat yang lain, dimakamkan di pemakaman umum Baqi.***
