Hasratnya untuk memperdalam ilmu membawa Mbah Kholil ke Makkah pada tahun 1859. Untuk membiayai perjalanannya, dia bekerja keras memetik kelapa dan menabung selama bertahun-tahun.
Sebelum berangkat ke Makkah, Mbah Kholil menikahi Nyai Asyik, putri Lodra Putih, dan kemudian memutuskan melanjutkan perjalanan spiritualnya.
Baca Juga: Siapa Marsinah, Penerima Gelar Pahlawan Nasional Tahun 2025? Begini Kisahnya
Belajar dari Ulama Terkemuka di Makkah
Di Makkah, Mbah Kholil berguru kepada sejumlah ulama besar, seperti Syaikh Nawawi al-Bantani, Sayyid Ahmad Zaini Dahlan, dan Syaikh Utsman ad-Dimyathi.
Dia banyak belajar fiqh, tafsir, hingga ilmu hadis. Di Makkah pula, Mbah Kholil bersahabat dnegan dua ulama besar Nusantara, Syaikh Nawawi al-Bantani dan Kiai Sholeh Darat dari Semarang.
Ketiganya kemudian dikenal sebagai Tiga Serangkai Ulama Nusantara yang berperan penting dalam pengembangan ilmu Islam di Indonesia.
Ketiganya juga dikenal sebagai penyusun kaidah huruf Arab Pegon, tulisan Arab yang digunakan untuk menulis bahasa Jawa, Sunda, dan Madura.
Baca Juga: Ini Alasan Kenapa Soeharto Dapat Gelar Pahlawan Nasional Versi Istana
Mendirikan Pesantren
Sepulang dari Makkah, Mbah Kholil mendirikan pesantren di Desa Cengkebuan, Bangkalan, yang menjadi cikal bakal berkembangnya pendidikan Islam di Madura.
Setelah pesantren pertama diserahkan kepada menantunya, Kiai Muntaha, Mbah Kholil mendirikan pesantren baru di daerah Kademangan, sekitar 200 meter dari Alun-Alun Bangkalan.
Pesantren itu dengan cepat berkembang pesat. Santri-santri datang dari berbagai penjuru Nusantara, bahkan dari luar Jawa.
Di antara beberapa santrinya santrinya adalah Hasyim Asy’ari yang kelak menjadi ulama besar, dan mendirikan Nahdlatul Ulama.
Karena itulah, Mbah Kholil dikenal sebagai gurunya para ulama, sekaligus sumber ilmu para pejuang Islam.