Djunaidi mengutarakan, pembangunan kembali Masjid Quwwatul Islam Yogyakarta ini dilakukan sejak tahun 2015 hingga 2020. Renovasi tersebut menghabiskan dana sebesar Rp15miliar. “Kami menyampaikan penghargaan dan ucapan terima kasih yang sedalam-dalamnya kepada pemerintah dan masyarakat Yogyakarta khususnya Keraton Yogyakarta atas restu dan dukungannya terhadap pembangunan masjid ini,” kata Djunaidi.
Masjid Quwwatul Islam Yogyakarta terdiri dari 5 lantai dengan beberapa fasilitas dan ruang. Seperti basement untuk parkir, ruang sholat utama, ruang sholat wanita dan anak anak maupun TPA, mimbar, gerai penjualan buku agama dan perlengkapan muslim serta fasilitas lainnya.