Ichlasul Amal kemudian meraih gelar doktor ilmu politik dari Monash University, Melbourne, Australia pada 1984. Dua tahun setelah meraih doktor, ia menjabat sebagai Direktur Pusat Antar Universitas (PAU) UGM hingga 1988. Setelah itu, ia diberi amanah menjadi Dekan Fakultas FIsipol UGM pada periode 1988-1994 dan Direktur Pascasarjana UGM sejak 1994-1998.
Awalnya, Prof. Amal bekerja sebagai dosen HI UGM. Setelahnya, ia sempat menjadi Dekan Fisipol UGM pada 1988—1994. Pada tahun 1994, ia dilantik sebagai Direktur Pascasarjana UGM dan puncaknya, pada tahun 1998 terpilih menjadi Rektor UGM di era reformasi.