Gua ini juga merupakan bagian dari Perbukitan Menoreh, kurang lebih 1.200 meter di atas muka air laut. Gua ini pun bisa menembus ke Gua Seplawan yang berada di Kabupaten Purworejo (Jawa Tengah) karena letak Gua Kiskendo sangat berdekatan atau berbatasan langsung dengan Kabupaten Purworejo.
Selain mempunyai keterkaitan dengan legenda Ramayana pertarungan Sugriwa dan Subali, Gua Kiskendo memiliki keistimewaan lainnya. Gua ini adalah salah satu gua karst yang tinggi di Pulau Jawa dengan elevasi 700 mdpl, dimana dijumpai adanya kontak formasi batuan yang berbeda umur secara tidak selaras (disconformity) antara satuan batuan Old Andesite Formation (OAF) berupa andesit yang berumur sekitar 23-15 juta tahun yang lalu dan batu gamping Formasi Jonggrangan yang berumur sekitar 15- 5 juta tahun yang lalu. Pun, merupakan rekaman penting berakhirnya masa gunung api purba OAF dan pengangkatan batuan carbonat platform Formasi Jonggrangan.