Beberapa fauna merupakan hewan langka yang hanya ada di danau Matanpo ini, yakni ikan Butini (Glossogobius matanensis).
Ikan Butini bagi warga setempat dijuluki sebagai ikan purba karena kemiripannya yang kecoklatan serta bentuknya seperti binatang purba.
Selain ikan Butini, fauna lain yang bisa kita temukan adalah kepiting Bungka (Paratelphusa), dan keong air tawar (Brotia). ***